手元の環境 (macOS 10.12 Sierra) に入っている SciPy がプリインストールされたものか、自分でインストールしたものか分からなくなったので調査しました。

まずは sys.path から。 スクリプト（または対話シェル）で import 文を使うと、sys.path に含まれるフォルダを先頭から順に検索していきます。

$ # macOS Sierra (10.12) + Homebrew
$ python
Python 2.7.10 (default, Feb  7 2017, 00:08:15)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 8.0.0 (clang-800.0.34)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> for x in sys.path: print "'%s'" % x
...
''
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python27.zip'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-darwin'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac/lib-scriptpackages'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-tk'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-old'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-dynload'
'/Library/Python/2.7/site-packages'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/PyObjC'

リストは 4 つのカテゴリーに分かれています。

  1. ''
    カレントディレクトリ。ユーザーが定義したモジュールは最優先で読み込まれます。

  2. Python.framework/Versions/2.7/lib
    Python の標準モジュールがインストールされているディレクトリです。

  3. site-packages
    ユーザーがインストールしたパッケージを置くためのディレクトリです。

  4. Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib
    macOS 独自のディレクトリで、Apple がプリインストールしたパッケージが置かれています。

NumPy, SciPy, matplotlib のインストールパス

すべて Apple の拡張ディレクトリに置かれています。

$ python
>>> import numpy, scipy, matplotlib
>>> numpy.__file__
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/__init__.pyc'
>>> scipy.__file__
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/scipy/__init__.pyc'
>>> matplotlib.__file__
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/__init__.pyc'

自分でインストールしたパッケージは site-packages 以下に置かれます。

$ python
>>> import pycodestyle
>>> pycodestyle.__file__
'/Library/Python/2.7/site-packages/pycodestyle.pyc'

したがって、macOS Sierra には NumPy, SciPy, matplotlib が標準でインストールされる、ということになります。

おまけ：サイト固有のパスを読み込まずに Python を起動する

$ python -S
Python 2.7.10 (default, Feb  7 2017, 00:08:15)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 8.0.0 (clang-800.0.34)] on darwin
>>> import sys
>>> for x in sys.path: print "'%s'" % x
...
''
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python27.zip'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-darwin'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac/lib-scriptpackages'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-tk'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-old'
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-dynload'

ここまでが Python のコアで、site-packages 以降のディレクトリは Python の動作そのものには影響しない、ということのようです。
https://stackoverflow.com/questions/897792/where-is-pythons-sys-path-initialized-from

おまけ： mac に python3 環境をつくる

Python 3.4 以降をインストールすると、pip が自動的にインストールされます。
https://pip.pypa.io/en/stable/installing/ 

$ # macOS Sierra (10.12) + Homebrew
$ brew install python3
$ pip3 install numpy
$ pip3 install scipy
$ pip3 install matplotlib

参考資料

めくるめく Python モジュールの世界。奥が深い…